Der Unterricht an der Benedikt-Schule beginnt morgens um 08:00 Uhr und endet mittags um 13:15 Uhr. Diese Regelung gilt im Schujahr 2018/19 für die 10. Klassen sowie montags, mitwochs und freitags auch für die 5. - 9. Klassen (Oberschuljahrgänge).
Während der Doppelstundenblöcke wird auf eine generelle Fünfminutenpause verzichtet. Vielmehr liegt es in der Verantwortung der unterrichtenden Lehrkraft, ob und zu welchem Zeitpunkt der Lerngruppe eine kurze Pause ermöglicht wird.
Diese Regelung hat sich bewährt, gestattet sie doch ein Eingehen auf die aktuellen Bedürfnisse der Lerngruppe (Alter, Unterrichtssituation, ...), zudem wird der Schulalltag sowohl für Schülerinnen und Schüler als auch für Lehrkräfte spürbar entschleunigt.
Dienstags und donnerstags wird für die 5. - 9. Klassen ein warmes Mittagsessen angeboten.
Für die genannten Jahrgänge schließt sich an diesen Tagen nach der Mittagspause die verpflichtende Lernzeit an. Diese wird im Regelfall durch eine die Lerngruppe unterrichtende Lehrkraft betreut. Während dieser Doppelstunde sollen zunächst die Hausaufgaben erledigt werden, außerdem steht diese Zeit für Klassengeschäfte, vertiefende Übungen, freiere Arbeitsformen, Projekte, ... zur Verfügung.
Für den Doppeljahrgang 7/8 werden dienstags in der Lernzeit ab dem Schuljahr 2018/19 u. a. diese Arbeitsgemeinschaften angeboten: Schulmedienscouts (nur Klasse 8), Trampolin (Mädchen), Schulsanitätsdienst, Kämpfen, Theater.